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微波具有熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)雙重殺菌作用。微波熱效應(yīng)殺菌機(jī)理的簡述是：生物細(xì)胞是由水、蛋白質(zhì)、核酸、碳水化合物、脂肪和有機(jī)物等復(fù)雜化合物構(gòu)成的一種凝聚態(tài)介質(zhì)。該介質(zhì)在強(qiáng)微波場的作用下，溫度升高。其空間結(jié)構(gòu)發(fā)生變化或破壞，蛋白質(zhì)變性，影響其溶解度、粘度、膨脹性、穩(wěn)定性，從而失去生物活性。微波非熱效應(yīng)殺菌機(jī)理的簡述是：微波作用能改變生物性排列聚合狀態(tài)及其運動規(guī)律，而且微波場感應(yīng)的離子流，會影響細(xì)胞膜附近的電荷分布，導(dǎo)致膜的屏障作用受到損傷，影響NA—K泵的功能。產(chǎn)生膜功能障礙，從而干擾或破壞細(xì)胞的正常新陳代謝功能，導(dǎo)致細(xì)菌生長抑制、停止或死亡。再則細(xì)胞中的核糖核酸（RAN）和脫氧核糖核酸（DAN）在微波場力作用下可導(dǎo)致氫鍵的松弛、斷裂或重組。誘導(dǎo)基因突變或染色體畸變，從而影響其生物活性的改變，延緩或中斷細(xì)胞的穩(wěn)定遺傳和增殖。簡單地說微波殺菌、保鮮是微波熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)共同作用的結(jié)果。微波的熱效應(yīng)主要起快速升溫殺菌作用：而非熱效應(yīng)則使用微生物體內(nèi)蛋白質(zhì)和生理活性物質(zhì)發(fā)生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規(guī)方法，一般比較，常規(guī)方法殺菌溫度要在100度以上，時間要在十幾分鐘至幾*鐘，而微波殺菌溫度僅在70至90度，時間約為幾分鐘。通過微波干燥、殺菌處理的食品的保質(zhì)期可延長3-8倍，不破壞原有的營養(yǎng)成份、色澤、口感和天然風(fēng)味。與其它干燥、殺菌、解凍設(shè)備相比，可縮小占地面積、降低能耗30%~100%。而且不生產(chǎn)“三廢”污染。

1、 微波設(shè)備的選擇性加熱：因為水分子對微波吸收*好，所以含水量高的部份，相同的單位時間內(nèi)吸收微波功率多于含水量較低的部份。這就是選擇性加熱的特點，利用這一特點可以做到均勻加熱和均勻殺菌的目的。 2、 微波設(shè)備的節(jié)能高效。微波是直接對物料進(jìn)行作用，空氣不吸收微波。因而沒有額外的熱能損失，爐內(nèi)的空氣與相應(yīng)的容器都不會發(fā)熱，空氣的溫度是由于物料的溫度上 升超過環(huán)境溫度后輻射出的熱能導(dǎo)致。所以微波加熱的熱效率極高，生產(chǎn)環(huán)境也明顯改善，與遠(yuǎn)紅外加熱相比可節(jié)電30％以上。 3、 微波設(shè)備時間短，效率高。微波加熱殺菌是使被加熱物體本身的極性分子成為發(fā)熱體，無需熱傳導(dǎo)的過程。微波從四周穿透物體內(nèi)部里外同時使物體在很短時間內(nèi)達(dá)到均勻加熱殺菌，大大縮短了干燥殺菌時間，從而更能提高產(chǎn)量。 4、微波設(shè)備操作易于控制，工藝先進(jìn)。與常規(guī)方法比較,設(shè)備即開即用；沒有熱慣性，操作靈活方便；微波功率可調(diào)，傳輸速度可調(diào)。在微波加熱干燥殺菌中，無廢水、廢氣、廢渣，是一種安全無害的高新技術(shù)。 5、微波設(shè)備殺菌效果好。實踐證明，利用微波殺菌一般在75℃就可全部殺死大腸桿菌，在80～90℃細(xì)菌總數(shù)大大降低，時間只需2～6分鐘。加熱殺菌速度快，時間短，因此保留食品中的營養(yǎng)成份、傳統(tǒng)風(fēng)味，色澤不受破壞。 6、微波設(shè)備可延長食品保質(zhì)期：經(jīng)微波殺菌處理的物料，可延長半年保質(zhì)期，對提高產(chǎn)品質(zhì)量及延長儲存周期有顯著的效果。 7、微波+紫外：配置紫外殺菌系統(tǒng)，可進(jìn)一步保證殺菌效果，同時可防止膠袋在干燥殺菌過程中的起脹爆袋

與傳統(tǒng)滅菌的比較
        傳統(tǒng)滅菌方法主要有：高溫滅菌，巴氏殺菌，紫外殺菌，核輻射及紅外等方法，這些工藝各有優(yōu)缺點，高溫處理可能使物料承受過高溫度而導(dǎo)致有效成份破壞；紫外線穿透能力有限，只能用于飲用純水等領(lǐng)域；核輻射溫度雖低但必須集中處理，用戶不能自由操作，費用高，運輸不便，需要用戶調(diào)整生產(chǎn)工藝流程以配合殺菌，并且其安全性一直存在爭議，歐美發(fā)達(dá)國家禁止輻照產(chǎn)品進(jìn)入市場；紅外殺菌仍是以溫度為前提，需要達(dá)到100～130℃才能殺菌，對熱敏性物料是不適合的。總而言之，系統(tǒng)龐大、處理時間長、不易實現(xiàn)自動化、滅菌不徹底、對產(chǎn)品成份有影響、成本高等缺陷，約束了上述滅菌方法的使用。
相較而言。

微波滅菌系統(tǒng)的特點是：
1.時間短、速度快、滅菌均勻徹底
2.低溫滅菌，產(chǎn)品不易結(jié)焦，能保持有效成分
3. 系統(tǒng)能耗少，占地小，自動化程度高